影响生育：

巧克力囊肿一旦发生破裂，那么囊内的积血会扩散至腹腔，导致的腹腔继发性粘连会有损女性生育功能。

盆腔粘连：

巧克力囊肿在若干时间后，囊内积血再次增多、压力再次增大时，又可发生自发性破裂。囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘连。

痛经、性交痛：

有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药止痛，甚至痛得“滚炕”或撞头，疼痛常随着月经周期而加重，月经结束而消失当存在于阴道穹窿部异位子宫内膜结节、直肠凹陷结节或粘连，或卵巢粘连在盆底时，均可产生性交痛。严重的可发生输尿管积水或肾盂积水。

月经不调：

内异症患者常有月经周期缩短、经量增多或经期延长等现象，说明患者有卵巢功能障碍表现。月经不调可作诊断参考，但在鉴别诊断中并无价值。